Kawasan Geopark Lembah Kinta meliputi pelbagai habitat semulajadi seperti hutan hujan tropika, tasik, sungai, dan gua. Ia menjadi habitat kepada pelbagai spesies flora dan fauna termasuk burung air, serangga endemik, dan tumbuhan ubatan.

Antara lokasi biodiversiti utama ialah:

• Taman Eko Rimba Kledang Saiong – Kawasan hutan bandar yang mengekalkan spesies pokok asli.
• Taman Alam Kinta – Tapak konservasi burung air dan ekosistem tasik yang terbentuk daripada bekas lombong bijih timah.
• Taman Herba Gopeng – Pusat konservasi herba perubatan tropika dan destinasi pelancongan pendidikan.
• Trek Rafflesia Ulu Geroh – Habitat semula jadi bagi bunga terbesar di dunia, Rafflesia cantleyi.

Ekosistem di Lembah Kinta mencerminkan keseimbangan antara alam semulajadi dan warisan perlombongan manusia, menjadikannya contoh terbaik kejayaan pemulihan ekosistem selepas eksploitasi industri.