 Mahkamah Syariah Negeri Melaka telah ditubuhkan di bawah Seksyen 39 Enakmen Pentadbiran Hukum Syarak Negeri Melaka, 1959. Sejak awal penubuhannya sehingga 1989, MSNM diletakkan di bawah pentadbiran Jabatan Agama Islam Negeri Melaka (JAIM). Walaubagaimanapun, pentadbiran MSNM mula diasingkan daripada JAIM pada tahun 1990 dan beroperasi di bangunan Majlis Agama Islam, Jalan Tengkera kemudian berpindah ke bangunan Merah di Jalan Kota, kemudian di Jalan Kee Ann. Pada tahun 1995, MSNM telah berpindah sekali lagi ke Kompleks Mahkamah Melaka, Lebuh Ayer Keroh, Melaka sehingga sekarang. Bidang kuasa MSNM adalah di dalam pengurusan kes Mal, Jenayah dan Faraid di semua peringkat Mahkamah iaitu Mahkamah Rendah Syariah, Mahkamah Tinggi Syariah dan Mahkamah Rayuan Syariah mengikut peruntukan di bawah Enakmen Undang-Undang Keluarga Islam (Negeri Melaka) 2002, Enakmen Pentadbiran Agama Islam (Negeri Melaka) 2002, Enakmen Tatacara Mal Mahkamah Syariah (Negeri Melaka) 2002, Enakmen Tatacara Jenayah Syariah (Negeri Melaka) 2002, Enakmen Keterangan Mahkamah Syariah (Negeri Melaka) 2002 dan Enakmen Kesalahan Syariah 1991. Manakala pentadbiran Mahkamah Rendah Syariah pula dibahagikan kepada tiga daerah iaitu Melaka Tengah, Alor Gajah dan juga Jasin. 